حوزۀ نجف با مدیریت و ریاست عامۀ دوعالم ربانی اداره مى‌شد:
شیخ على کاشف الغطاء فرزند شیخ جعفر و مرحوم شیخ محمدحسن صاحب جواهر. مرحوم شیخ مرتضى در درس کاشف الغطاء شرکت مى‌جست و به تألیف و تصنیف نیز مشغول بود. پس از درگذشت آیت‌الله کاشف الغطاء، برادرش شیخ حسن همراه شیخ محمدحسن صاحب جواهر حوزه را اداره می‌کردند. با فوت شیخ حسن در سال ١٢٦٦ ادارۀ تمام حوزه به صاحب جواهر منتهى گردید. صاحب جواهر در روزهاى آخر عمر، هنگامی‌که در بستر بیمارى افتاده بود، دستور داد تا مجلسى از تمام علماى طراز اوّل در حضور او تشکیل شود و شیخ مرتضى را نیز حاضر کنند، آنگاه صاحب جواهر شیخ را بر بالین خود نشاند و دستش را بر بالاى قلب خود گذاشت و گفت حالا مرگ بر من گوارا است و رو به حاضرین کرد و گفت: این مرد پس از من مرجع شما خواهد بود و بعد رو به شیخ کرد و گفت: تو هم از احتیاطات خود کم کن، چه دین اسلام، آئین سهل و آسان است. بدین ترتیب زعامت حوزۀ علمیّۀ نجف را که کوچک‌ترین دل‌بستگی به آن نداشت، به شیخ مرتضى انصارى منتقل گردانید. البته این عمل مرحوم صاحب جواهر یک معرفی اجمالى و یک نوع توصیه و بازنمودن مقام علمى شیخ بود، وگرنه در مرجعیت، معرفی مرجع قبلى شرط نیست و فقط مى‌تواند راهگشا باشد.
محمد سبحانی، لختی تامل، ص 132.
